善光寺は、無宗派の単立寺院である。　山号は「定額山」（じょうがくさん）。　山内にある天台宗の「大勧進」と２５院、浄土宗の「大本願」と１４坊によって護持・運営されている。　「大勧進」の住職は「貫主」と呼ばれ、天台宗の名刹から推挙された僧侶が務めている。　「大本願」は、大寺院としては珍しい尼寺で、住職は「善光寺上人」と呼ばれ、門跡寺院ではないが代々公家出身者から住職を迎えている。　現在の「大本願上人」は鷹司家出身の１２１世鷹司誓玉である。　善光寺の住職は、「大勧進貫主」と「大本願上人」の両名が務める。　日本において仏教が諸宗派に分かれる以前からの寺院であることから、宗派の別なく宿願が可能な霊場と位置づけられている。　また女人禁制があった旧来の仏教の中では稀な女人救済の寺院である。　本堂の中の「瑠璃壇」には、百済渡来の絶対秘仏の本尊・一光三尊阿弥陀如来像が厨子に安置されると伝えられている。　本尊は善光寺式阿弥陀三尊の元となった阿弥陀三尊像で、その姿は寺の住職ですら目にすることはできない絶対秘仏である。 瑠璃壇の前には金色の幕がかかり、朝事とよばれる朝の勤行や、正午に行なわれる法要などの限られた時間のみ幕が上がり、金色に彩られた瑠璃壇の中を部分的に拝むことができる。　開帳では前立本尊が代わりに公開される。　また、日本百観音（西国三十三箇所、坂東三十三箇所、秩父三十四箇所）の番外札所となっており、その結願寺の秩父三十四箇所の三十四番水潜寺で、「結願したら、長野の善光寺に参る」といわれている。